Assassin's Creed II jest grą pod każdym względem dużo bardziej rozbudowaną od swojej poprzedniczki, również i typy misji zostały urozmaicone:

"Sen Altaira" (Altair Dream) - to wyjątkowy typ misji, a dokładniej, sen Desmonda. Niepodłączony do Animusa 2.0 Obiekt 17 odpoczywa w łóżku i gdy zapada w sen, w tajemniczy sposób odczytuje wspomnienie ze swojej pamięci genetycznej, jedno zdarzenie z życia Altaira.

"Ogon" (Tail) - w tej misji musimy śledzić przyjaciela lub wroga, pozostając niezauważonym. Nie możemy zbliżać się za bardzo do celu, po drodze trzeba wynajmować kurtyzany lub złodziei, by przyciągnęli uwagę strażników, oraz spokojnie(!) omijać trubadurów, którzy zastępują nam drogę.

"Zdobądź flagę" (Capture The Flag) - ta misja w grze występuje tylko raz. Jest to wyścig po dachach po flagę, z którą musimy wrócić wcześniej niż nasi konkurenci.

"Królewska bitwa" (Battle Royale) - w tej misji musisz zmierzyć się z wieloma przeciwnikami, czasem z jednym lub kilkoma sojusznikami.

"Bijatyka" (Brawling) - bójka, głównie na pięści, w specjalnie do tego wyznaczonych miejscach.

"Sekrety Novelli" (Novella's Secret) - jedyna obowiązkowa sekretna lokacja, polegająca na znalezieniu właściwej drogi - misja przypomina rozgrywkę w "Prince of Persia": wspinamy się po dziwnych konstrukcjach lub ruinach, odblokowując dźwigniami dalszą drogę. Musimy też dogonić templariusza - jeśli się nam to nie uda, musimy walczyć ze strażnikami.

"Znajdywanie" (Locate) - w tej misji musisz coś lub kogoś znaleźć. Mogą do tego dochodzić dodatkowe warunki, jak na przykład limit czasowy. Najprościej użyć do tego celu swojej minimapki.

"Obrona" (Follow Defend) - w tej misji musisz za kimś iść i bronić go w czasie walki, podczas której możemy zranić swojego sojusznika lub zostać zranionym przez niego.

"Maszyna Latająca" (Flying Machine) - jest to słynna misja, w której musimy użyć maszyny latającej skonstruowanej przez Leonarda da Vinci, by dostać się do celu w pałacu.

"Eskorta" (Escort) - w tej misji musisz chronić kogoś na odległość, oczyszczając mu drogę, mając go w zasięgu wzroku.

"Wyścig" (Chase Race) - wymaga skupienia i precyzji. Musisz z kimś się ścigać lub za kimś biec.

"Noszenie" (Carry) - w tej misji niesiesz kogoś lub coś (list, paczkę), czasem dodatkowo jest narzucony limit czasowy.

"Powóz" (Carriage) - w tej misji prowadzisz powóz i odpierasz ataki w pięknym Toskańskim rejonie.