Assassin’s Creed II, w odróżnieniu od swej pierwszej odsłony, oferuje nam dość spory wybór śmiercionośnych narzędzi. Ezio jest też inaczej szkolony niż Altair, więc potrafi wykorzystywać broń w inny, bardziej brutalny i mniej wyrafinowany sposób. Nasz arsenał możemy podzielić na kilka kategorii:
Broń do walki wręcz
Pięści - W przeciwieństwie do swego przodka, Ezio jest szkolony do walki na pięści. Podczas takiej walki może używać kombinacji ataków, jak i kontrować ataki innych pięściarzy. Taki rodzaj walki umożliwia również walkę z uzbrojonym przeciwnikiem, zabieramy oponentowi broń i używamy ją przeciwko niemu samemu. Podczas walki na pięści dysponujemy specjalnym atakiem, który pozwala Ezio pochylić się, nabrać piasku w garść i sypnąć nim w oczy strażnikom, umożliwia to dezorientację przeciwnika, którą możemy wykorzystać do ucieczki, lub natychmiastowego ataku.
Metalowy cestus (kastet) - są ulepszeniem broni pięściarskiej bohatera i po kupieniu nie mogą zostać zdjęte. Założenie tej broni powoduje trzykrotne zwiększenie obrażeń zadawanych przez Ezio podczas walki wręcz.
Broń do walki wręcz
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie | Odblokowanie | Koszt |
| Pięści | 1 | 5 | 1 | Zawsze | N/A |
| Metalowy cestus | 3 | 5 | 1 | Sekwencja 6, Pamięć 1 | 2000f |
Ukryta broń
Ostrza - W przeciwieństwie do Altaira, Ezio posiada dwa egzemplarze tej broni. Ezio nie musiał również poświęcać palca serdecznego, by używać ukrytych ostrzy, dzięki ulepszeniu mechanizmu przez Altaira. Broń ta służy do szybkiego i cichego likwidowania wroga. W ACII usprawniono również system walki ostrzami, podczas gdy w pierwszej części gry mogliśmy jedynie kontrować ataki, ewentualnie używać metody "wywróć i dobij" to tu możemy również blokować ataki wroga i zabijać słabszych przeciwników. Kontry nadal będą skuteczne przeciwko wszystkim przeciwnikom i będą oznaczały ich szybką śmierć, z małymi wyjątkami: specjalne ataki przeciwników typu Brute i Seeker nie będą mogły być skontrowane.
"Pistolet" - Jest to ulepszenie jednego z ostrz Ezio, Leonardo da Vinci montuje w nim broń palną. Służy ona do zabijania oddalonych przeciwników i likwidacji celów. Jednakże nie może być używany do cichego pozbywania się wroga, strzelenie z niego w pobliżu strażników spowoduje przyciągnięcie ich uwagi. Warto jednak zaryzykować, gdyż zabija się za jego pomocą jednym strzałem. Celowanie zajmuje jakiś czas, lecz jest konieczne, gdyż bez niego spudłujemy nawet na niewielkich dystansach. Tu też musimy uważać żeby nie znajdować się w zasięgu wzroku strażników, bo może to wywołać ich podejrzenia. Broń ta ma też "atak specjalny" polegający na celowaniu w grupę przeciwników przez parę chwil dłużej niż pełne namierzenie przeciwnika, powoduje to utratę morale i rozpierzchnięcie się ich w popłochu (nie działa na przeciwników typu Brute).
Zatrute ostrze - Kolejne ulepszenie ukrytego ostrza, które jest wydrążone i wypełnione trucizną. Każdy dźgnięty przez Ezio wpadnie w szał i zacznie wymachiwać swoją bronią na wszystkie strony, atakując osoby w swoim zasięgu. Ciosy te nie są zbyt mocne, więc nie zabijają za pierwszym razem, chyba, że trafiony przeciwnik miał niewiele życia. Broń ta jest skuteczna nie tylko do zabijania, ale także (a może głównie) do odwracania uwagi strażników, którzy zajmą się szalejącym kolegą.
Broń do walki konwencjonalnej
Miecze i maczugi - Są to bronie dostępne w sklepach, które po kupieniu stają się naszą bronią główną. Ich wybór zależy od preferencji własnych użytkownika, miecze charakteryzują się większą szybkością, a maczugi zadają większe obrażenia.
Miecz Altaira jest bronią specjalną w ACII. Rękojeść ma kształt orlich skrzydeł, ostrze zaś jest umiarkowanie długie i łatwo nim się posługiwać, co sprawia, że jest to lekka i zabójcza broń. Można go nabyć w sklepie z bronią Monteriggioni. Miecz ten w grze jest krótszy w stosunku do reszty broni tego typu, gdyż ma on długość niewiele większą niż długość ramienia. jednakże jest to najpotężniejsza broń jaką może władać Ezio. Miecz ten występuje w każdej grze ze świata Assassin's Creed. W Assassin's Creed 1 ostatnią bronią Altaira był złoty miecz syryjski, noszony przez strażników w Masjafie.
Miecze - lewy stojak
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie | Odblokowanie | Koszt |
| Zwykły Miecz | 1 | 2 | 2 | Sekwencja 3, Pamięć 3 | N/A |
| Miecz Kapitański | 2 | 4 | 3 | Sekwencja 5, Pamięć 1 | 5200f |
| Miecz Mediolański | 3 | 5 | 3 | Sekwencja 5, Pamięć 1 | 11300f |
| Rapier | 4 | 5 | 4 | Sekwencja 8, Pamięć 1 | 25000f |
Miecze - prawy stojak
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie | Odblokowanie | Koszt |
| Miecz Altaira | 5 | 5 | 5 | Sekwencja 9, Pamięć 1 | 42500f |
| Stary Miecz Syryjski | 1 | 2 | 3 | Sekwencja 3, Pamięć 3 | 2300f |
| Wenecki Bułat | 1 | 3 | 1 | Sekwencja 3, Pamięć 3 | 1900f |
| Florencki Bułat | 2 | 3 | 4 | Sekwencja 5, Pamięć 1 | 5200f |
| Sejmitar | 3 | 3 | 5 | Sekwencja 6, Pamięć 1 | 11300f |
Stojak z młotami
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie | Odblokowanie | Koszt |
| Wojenny Młot Najemnika | 1 | 1 | 3 | Sekwencja 3, Pamięć 3 | 1900f |
| Wojenny Młot Kondotiera | 5 | 3 | 4 | Po zebraniu 50 piór | 30600f |
| Młot | 2 | 1 | 2 | Sekwencja 4, Pamięć 1 | 3600f |
| Buzdygan | 3 | 3 | 3 | Sekwencja 6, Pamięć 1 | 10500f |
| Buzdygan konnicy | 4 | 2 | 2 | Sekwencja 7, Pamięć 1 | 20800f |
Bronie specjalne, odblokowywane po podpięciu PSP do PS3
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie |
| Długi Miecz Marii Thorpe | 1 | 3 | 3 |
| Młot Fredericka | 2 | 4 | 4 |
| Buława Byka | 4 | 2 | 3 |
| Rapier Bliźniaczy | 2 | 5 | 3 |
| Ostrze Boucharta | 2 | 5 | 5 |
Broń ciężka - ten rodzaj narzędzi śmierci możemy uzyskać poprzez wyrwanie ich z rąk właścicieli, posiadają one miażdżącą siłę i nie mogą być zablokowane ani skontrowane przez żadną broń, za wyjątkiem broni długiej, ciężkiej, lub ukrytego ostrza. Natomiast kontry za pomocą tych broni skutkują zawsze śmiercią, ale niestety ostrze grzęźnie po nich w ciele, należy, więc kontrować tylko ataki najgroźniejszych przeciwników. Bronie te posiadają specjalny atak, musi być on ładowany, co trwa jakąś chwilę i może być łatwo przerwany, ale jego skuteczne wyprowadzenie powoduje ogromne obrażenia. Nie może być zablokowany, gdyby przeciwnik jednak tego próbował może stracić broń, zostać powalony na ziemię, atak może tez spowodować połamanie broni długiej.
Broń ciężka
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie |
| Miecz Bastarda | 3 | 4 | 3 |
| Brodaty Topór | 4 | 3 | 4 |
| Labrys | 5 | 3 | 3 |
Włócznie i halabardy - Są to wspomniane już kilka razy wyżej bronie długie. Służą one do trzymania wroga na dystans podczas walki. Mogą być skontrowane tylko przez takie same rodzaje broni jak w punkcie powyżej. Można je zdobyć przez rozbrajanie przeciwników typu Seeker. W odróżnieniu od broni ciężkiej bronie długie mają dwa ataki specjalne: pierwszy polega na obracaniu broni dookoła postaci, co skutkuje powaleniem przeciwników na ziemię, po trzech takich ruchach jedną bronią ulega ona złamaniu. Drugi polega na zablokowaniu specjalnego ataku broni ciężkiej bez straty punktów życia. Jedyną konsekwencją tego bloku jest przełamanie broni na pół, jednakże możemy używać tych połówek dalej. Co ciekawe, jeśli mamy puste miejsce na broń główną to możemy zachować złamaną halabardę, lub włócznie, jako takową broń. Niestety znika ona po zapisaniu i odczytaniu gry.
Włócznie i halabardy
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie |
| Włócznia | 3 | 5 | 3 |
| Halabarda | 4 | 3 | 4 |
Broń krótka - Noże i sztylety są przydatne przy szybkim zabijaniu dużej ilości przeciwników z powodu szybkości wyprowadzania ataków takim ostrzem i dużym stopniem trudności zablokowania takiego ciosu. W przeciwieństwie do Altaira, Ezio trzyma swą broń krótką przy głównej, a nie na plecach. Broń krótka, o różnorakich rodzajach i statystykach może być kupiona w kuźniach. Specjalne ataki tych rodzajów broni wyprowadzane są zazwyczaj od tyłu i polegają na poderżnięciu komuś gardła, lub wbiciu sztyletu w ramię.
Broń krótka
| Nazwa | Obrażenia | Szybkość | Parowanie |
| Puginał | 1 | 1 | 2 |
| Nóż | 1 | 2 | 3 |
| Sztylet | 2 | 4 | 1 |
| Kanelowana Cinquedea | 3 | 3 | 4 |
| Kościany Sztylet Ciemnej Wyroczni | 2 | 4 | 4 |
| Nóż Sułtański | 3 | 5 | 3 |
| Nóż Rzeźnicki | 4 | 3 | 5 |
| Grawerowana Cinquedea | 5 | 5 | 4 |
Broń dodatkowa
Noże do rzucania - Jest to broń dystansowa do bezgłośnego atakowania przeciwników, lub do ograniczania ich liczebności przed większą bitwą. Obrażenia noży zostały zmniejszone w porównaniu z pierwszą częścią gry, co zostało wyrównane przez możliwość noszenia większej ich liczby (do 25 na raz). Specjalny atak tego rodzaju broni to rzucenie trzech noży na raz w celu efektywnego pozbycia się trzech przeciwników w jednym rzucie.
Bomby dymne - Trudno nazwać zasłonę dymną bronią, lecz jest ona przydatnym narzędziem do wywołania paniki w tłumie, lub po prostu do szybkiego ulotnienia się niezauważonym z miejsca, w którym być może nie poradzilibyśmy sobie z przeważającymi siłami przeciwnika. Bomby można kupić w kuźniach i nosić do trzech na raz w torbie bez możliwości zwiększenia jej pojemności.
"Broń niekonwencjonalna" - Twórcy gry dali nam parę "broni" do użytku dla zabawy. Są nimi: miotła, wędka, motyka i grabie. Używanie tych narzędzi zniszczenia jest bardzo zabawne, choć czasem animacje są dosyć pokręcone, np. miotła ma podczas walki animacje maczugi, ale można nią również podrzynać gardła jak mieczem, lub sztyletem. Bronie te można zdobyć poprzez odbieranie ich przechodniom, do których należały przedtem.